Lindi në Ibrik-Tepe të Adrianopojës,në një koloni shqiptare në Turqi. Si disa fshatra të tjera të asaj krahine të banuar me shqiptarë, Qyteza kishte ruajtur me kohë gjuhën, doket dhe kostumet e të parëve. Noli e mbante fisin e vet me prejardhje nga Qyteza e Kolonjës. I ati, Stiliani, ndonëse trashëgoi një pronë tokë, nuk u mor me bujqësi, po shërbeu si psalt në kishën e fshatit. E ëma, Maria, ishte shtëpiake. Familja u shtua shumë dhe erdhi një kohë që jetesa u bë e vështirë për të. Sa qe i mitur Noli hoqi sëmundje të rënda, prandaj shkollën e nisi me vonesë. Filloren dhe të mesmen i bëri greqisht. Por me shumë ndikoi tek ai krenaria e fshatit shqiptar për të kaluarën historike dhe dashuria për shkrimin shqip.Libri i pare qe ka lexuar ne shqip ka qen Dhjata e Re me perkthim te Kristoforidhit. Që në bankat e shkollës iu shfaqën karakteri i pavarur dhe fryma e revoltës. Për këtë shkak nuk iu dha diploma në kohën e duhur, gjë që e pengoi të emërohej mësues atë vit shkollor. Më 1900 vajti në Greqi, me qëllim që të nxirrte jetesën dhe të ndiqte fakultetin e filozofisë. Në Athinë u lidh me një shoqëri belge, e cila zotëronte tramvajet me kuaj. S'i eci mbarë. Studime nuk i bëri. Atëherë u hodh në punë të tjera, si kopist, sufler dhe aktor pranë një trupe greke teatri shëtitës. Tek punonte atje, iu ngjall dëshira të mërej me dramaturgji. Më 1903 kaloi në Egjipt, ku zuri punë si mësues i greqishtes. Ndërkohë, njihet me lëvizjen kombëtare. I ndihmuar nga patriotë, nis veprimtarinë politike dhe letrare: shkruan artikujt publicistikë, përkthen greqisht »Shqipëria ç'ka qenë, ç'është dhe ç'do të bëhet« të Sami Frashërit. Nga viti 1908 deri më 1912 kryen studimet e larta për arte në Universitetin e Harvardit, të cilat i përfundon me cum laude në Bachelor of Arts. Në fund të jetës së tij shkon në Florida. Atje, në banesën e tij, në Fort Lauderdale, vdiq më 13 mars 1965, larg atdheut të shtrenjtë, që e deshi me zjarr të pashuar. Fan Noli është varrosur në Forest Hills Cemetery, të Bostonit.